小孔成像原理的局限性主要包括以下几个方面：
分辨率限制：小孔成像系统的分辨率受到瑞利判据的限制，即两个点光源越接近，其成像后的像点越难以分辨。这种限制导致在观察精细结构时会出现模糊现象。
光通量限制：由于小孔成像系统只允许少量光线通过，因此其在低光条件下成像会变得困难，需要增加曝光时间或光源亮度，从而降低成像的实时性和灵敏度。
深度范围限制：小孔成像系统对于物体的景深较浅，只能成像较靠近小孔处的物体，对于远处物体的成像效果差，无法获取整体景深信息。
成像角度限制：小孔成像系统的成像角度有限，只能获取小孔对应方向上的景象，对于全景或多角度成像需要采用多个小孔或旋转摄像头等方式。
综上所述，小孔成像原理存在着分辨率、光通量、深度范围和成像角度等方面的局限性，这些限制影响了其在特定应用场景下的成像效果和实用性。